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Os ecossistemas lacustres são zonas húmidas que se revestem de uma extraordinária importância, não só porque normalmente constituem biótopos de grande biodiversidade, mas também porque representam uma reserva potencial de água doce.

De acordo com Wetzel (1993), a água doce dos lagos representa cerca de 0,009% da quantidade total existente na biosfera, com um volume de cerca de 125.000 km3, tendo os lagos uma taxa de renovação que varia, de forma geral, entre 1 e 100 anos. Esta taxa é tanto maior quanto maior for o volume e a profundidade média dos lagos, variando de forma inversa com o caudal de descarga.

A evolução natural dos lagos faz-se no sentido de um aumento gradual da quantidade de nutrientes, nomeadamente azoto e fósforo, resultante da degradação dos organismos vivos existentes no ecossistema, conduzindo à proliferação de certas espécies e ao incremento de matéria orgânica. Este processo designa-se por eutrofização natural.

Quando este processo, que de uma forma natural pode levar milhares de anos, é acelerado por influência da actividade humana, contribuindo com descargas adicionais de nutrientes, a eutrofização é antropogénica, e diz-se cultural ou artificial.
O termo eutrofização é de origem grega e, etimologicamente, resulta da junção dos termos eu e trofeé, que significam bem alimentado, isto é, bem nutrido.

As lagoas da Ilha de São Miguel totalizam uma área de cerca de 8,2 km2, 58% da qual corresponde a massas de água localizadas no interior da Caldeira das Sete Cidades e na zona da Serra Devassa.

A Lagoa das Furnas representa 23% da área total e a Lagoa do Fogo aproximadamente 18%. Na zona compreendida entre as caldeiras vulcânicas da Lagoa do Fogo e das Furnas, localizam-se as lagoas do Congro, Nenúfares, São Brás e Areeiro, que totalizam apenas 1% do total da área lacustre da ilha.

A maior lagoa da ilha de São Miguel, em área, é a Lagoa das Sete Cidades com 4,3 km2, seguindo-se as lagoas das Furnas, com 1,9 km2 e a do Fogo, com 1,5 km2.

Situada na região da Serra Devassa, a Lagoa das Éguas, a uma cota próxima dos 820 m, é a que se encontra a maior altitude, sendo as que estão a menor altitude as Lagoas Verde e Azul (Sete Cidades), a uma cota de 260 m. A Lagoa das Furnas situa-se a cerca de 280 m de altitude e a Lagoa do Fogo, por seu lado, esta implantada a uma cota próxima dos 570 m.